Inicjatywa powołania nowego pisma o profilu humanistycznym była wynikiem pomysłu prof. Wincentego Kołodzieja z Krakowa oraz prof. Miłosza Piotra Wnuka mieszkającego na stałe w Stanach Zjednoczonych Ameryki. W zamierzeniu pomysłodawców na łamach „Athenaeum” publikować mieli autorzy krajowi oraz przedstawiciele Polonii amerykańskiej. Pomysł ten spodobał się toruńskiemu wydawcy dr. Adamowi Marszałkowi. Dzięki jego zaangażowaniu inicjatywa ta szybko uzyskała realny wymiar.

W 1997 r. ukazał się pierwszy numer „Athenaeum” (zob. spis treści tego numeru), a kolejny w 1998 r. Początkowo pismo ukazywało się z częstotliwością raz na rok, a publikowane w nim artykuły obejmowały swoim zasięgiem głównie problematykę stosunków międzynarodowych i spraw polonijnych. W tym czasie ukształtowała się linia programowa pisma obejmująca trzy zasadnicze grupy tematyczne. W obrębie pierwszej opisywane były przemiany, dokonujące się w Europie Środkowej i Wschodniej, a przede wszystkim w Polsce. Celem autorów artykułów było przybliżenie tej problematyki zarówno polskiemu, jak i amerykańskiemu czytelnikowi. Drugą dużą grupę spraw stanowiły stosunki Polski z innymi państwami, a zwłaszcza z sąsiadami i Stanami Zjednoczonymi. Z kolei trzeci krąg tematyczny obejmował problematykę polonijną, skupiając się przede wszystkim na kwestiach związanych z funkcjonowaniem Polonii w innych krajach i jej stosunkach z Polską.

W miarę jak zwiększała się liczba autorów piszących do „Athenaeum” systematycznemu poszerzeniu ulegał również zakres tematyczny pisma. Jego profil stopniowo ewoluował w stronę politologii zachowując nadal swoją pierwotną specyfikę. W tym czasie pismo zdobyło już określoną renomę i uznanie wśród odbiorców. Rozwój "Athenaeum" i wzrastająca liczba czytelników wpłynęły na decyzję dotyczącą zmiany częstotliwości wydawania pisma. Od numeru 5 pismo działało już jako półrocznik.

Rok 2002 to kolejny etap w historii ewolucji pisma. Numer 7/2002 ukazuje się w nowej szacie graficznej. Zmiany objęły także komitet redakcyjny. „Athenaeum” staje się czasopismem politologicznym. Znajduje to swój wyraz również w nazewnictwie pisma. Od numeru 10 towarzyszy mu podtytuł "Political Science". Stałą współpracę z periodykiem podejmują Katedry Politologii i Stosunków Międzynarodowych Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. W tym kształcie działalność pisma, posiadającego już bogatą tradycję, zwieńczyło wydanie w 2004 r. 13 woluminu.

Gwałtowny rozwój polskiej politologii w ostatnich latach i wzrost zainteresowania tą dyscypliną akademicką nie pozostał bez wpływu na dalsze losy pisma. Politologia w Polsce stała się w tym czasie nauką pełnowartościową. Równoprawną pozostałym dyscyplinom społecznym, zarówno pod względem jakości badań, jak i osiąganych wyników. Jednocześnie cały czas widoczny był wyraźny niedosyt czasopism, odgrywających rolę integrującą dla całego krajowego środowiska politologicznego.

Odpowiedzią na tą potrzebę była zasadnicza zmiana koncepcji programowo-organizacyjnej pisma. Z inicjatywą przekształcenia „Athenaeum” w kompleksowe forum wymiany poglądów, idei i wyników badań pomiędzy różnymi ośrodkami politologicznymi wystąpił nowy redaktor naczelny pisma prof. dr hab. Roman Bäcker z Instytutu Politologii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Pomysł został szybko zaakceptowany przez środowisko politologiczne i 16 czerwca 2005 r. przedstawiciele 11 instytucji akademickich (Akademii Bydgoskiej, Akademii Pedagogicznej im. KEN w Krakowie, Akademii Świętokrzyskiej w Kielcach, Uniwersytetu Gdańskiego, Uniwersytetu Łódzkiego, Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu - Instytutu Politologii oraz Instytutu Stosunków Międzynarodowych, Uniwersytetu Szczecińskiego, Uniwersytetu Wrocławskiego, Uniwersytetu Zielonogórskiego) prowadzących studia w zakresie politologii i stosunków międzynarodowych oraz Wydawnictwo Adam Marszałek podpisało umowę na temat wspólnego redagowania i wydawania "Athenaeum".

W ten sposób pismo stało się periodykiem integrującym działalność badawczą z zakresu politologii i stosunków międzynarodowych naukowców z całej Polski. Jednocześnie swojego wsparcia i patronatu udzielają: Zarząd Główny Polskiego Towarzystwa Nauk Politycznych oraz Komitet Nauk Politycznych Polskiej Akademii Nauk. Profil „Athenaeum” stał się zdecydowanie jednoznaczny. Od roku 2006 r. pojawiają się teksty wyłącznie w zakresie jednej dyscypliny naukowej - politologii. Obszary tematyczne pisma wyznaczają następujące subdyscypliny politologii, które są jednocześnie jego działami: teoria polityki, systemy polityczne, systemy partyjne, system polityczny RP, myśl polityczna, filozofia polityki, polityka gospodarcza, integracja europejska, historia polityczna, marketing polityczny, metodologia nauki o polityce, administracja publiczna, stosunki międzynarodowe i inne. Do druku przyjmowane są więc jedynie artykuły odpowiadające tematycznie danej subdyscyplinie politologii, co zapewnia periodykowi ścisły, specjalistyczny charakter.

Nowa formuła redagowania pisma, unikalna w skali Polski, szybko zyskała popularność i przychylność zarówno czytelników jak i pozostałych ośrodków politologicznych. Na przełomie 2006 i 2007 r. grono redakcyjne powiększyło się o Instytut Nauk Politycznych i Dziennikarstwa Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu oraz Instytut Nauk Politycznych i Stosunków Międzynarodowych Uniwersytetu Jagiellońskiego. Wzmocnienie zaplecza merytorycznego pisma oraz stale rosnący poziom artykułów publikowanych na łamach „Athenaeum” zaowocowało 19 listopada 2007 r. wpisaniem półrocznika na listę B czasopism punktowanych i przyznaniem 4 punktów za publikację naukową w „Athenaeum”. 10 marca 2010 r. podpisany został Komunikat Ministra Szkolnictwa Wyższego w sprawie uzupełnienia wykazu wybranych czasopism wraz z liczbą punktów za umieszczoną w nich publikacje naukową, w którym to komunikacie poinformowano, że podniesiono wartość publikacji do 6 punktów (punkt C poz. 5 treści komunikatu). Z kolei w opublikowanym trzy miesiące później ujednoliconym wykazie czasopism punktowanych pismo uzyskało 9 punktów. W tamtym czasie była to najwyższa nota jaką mogło otrzymać pismo naukowe wydawane w języku polskim. W ten sposób „Athenaeum” stało się jednym z czterech najlepszych pism politologicznych w Polsce.

W 2008 r. dokonało się kolejne poszerzenie Redakcji, tym razem aż o cztery ośrodki: Instytut Nauk Politycznych Uniwersytetu Warszawskiego, Instytut Nauk Politycznych i Dziennikarstwa Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach, Instytut Historii i Stosunków Międzynarodowych Uniwersytetu Szczecińskiego oraz Wydział Nauk Politycznych Akademii Humanistycznej im. A. Gieysztora w Pułtusku. W ten sposón „Athenaeum” zostało największym pismem politologicznym w Polsce skupiającym 22 ośrodki politologiczne z całego kraju (zob. aktualna lista ośrodków współtworzących redakcję).

Następny rok przyniósł dalszą reorganizację pisma. W związku z rosnącą liczbą zadań i ciągłą profesjonalizacją pisma rozbudowaniu uległa również struktura zespołu redakcyjnego. Począwszy od numeru 21/2009 zmienił się podtytuł periodyku z „Political Science” na „Polskie Studia Politologiczne”. W ten sposób jeszcze precyzyjniej wyeksponowany został politologiczny charakter pisma, również w kontekście jego unikalnej w skali Polski, międzyuczelnianej i wieloośrodkowej formuły redakcyjnej. Zmiana ta pociągnęła za sobą również zmianę szaty graficznej, a w 2010 r. pismo przekształciło się w kwartalnik.

W 2011 r., dzięki finansowemu wsparciu Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego w ramach programu "Index Plus" (M.P. Nr 89, poz. 1012), dokonano umiędzynarodowienia rady naukowej pisma powołując nowe ciało doradcze pod nazwą Advisory Board, utworzono anglojęzyczny serwis internetowy oraz wydano dwa specjalne, w pełni anglojęzyczne numery pisma (zob. vol. 29/2011 i vol. 30/2011). Konsekwencją przyjęcia za priotytet dalszego popularyzowania wyników badań polskich autorów za granicą oraz rozwijania naukowej współpracy międzynarodowej, począwszy od 2013 r. każdy czwarty numer pisma w roku jest wydawany w całości w języku angielskim jako „Athenaeum. Polish Political Science Studies”.

Rok 2015 przyniósł kolejne ważne zmiany. Na początku roku nowym redaktorem naczelnym kwartalnika został jego długoletni sekretarz dr hab. Bartłomiej Michalak. Nowy zespoł redakcyjny przystąpił energicznie do wdrażania zmian mających jeszcze bardziej zwiększyć poziom naukowy i przede wszystkim rozpoznawalność oraz cytowalność pisma. Służyło temu m.in. wprowadzenie nuemrów DOI dla każdego artykułu, udostępnienie w wolnym dostępie on-line wszystkich bieżących i archiwalnych (sukcesywnie) elektronicznych wersji poszczególnych voluminów, udostępnienie najnowyszych numerów elektornicznych pisma na całkowcie wolnej licencji Creative Commons, zmiana layoutu tak, aby nadać pismu nowoczesny i nawiązujący do zachodnich wzorców wygląd.

W grudniu 2016 r. pismo zostało wpisane do prestiżowej międzynarodowej bazy referencyjnej czasopism publikowanych we wszystkich europejskich językach ERIH Plus.